• Tháng 3 năm 1986 ông được bầu làm hội viên Hội hoàng gia Luân Đôn [1]
• Năm 1993 ông đoạt Giải Nobel Hóa học cho các đóng góp cơ bản của ông vào việc lập ra kỹ thuật biến đổi gen có hướng dẫn, dựa trên oligonucleotide [2], có lợi trong nghiên cứu di truyền học và protein cũng như kỹ thuật di truyền.

Ông đã tặng khoản tiền thưởng của giải Nobel cho việc nghiên cứu "bệnh tâm thần phân lập" (Schizophrenia) ở Trung tâm nghiên cứu khoa học Đại học British Columbia và cho "Hội Khoa học và Công nghệ Canada".

• Từ năm 1994 "Hội đồng nghiên cứu kỹ thuật và khoa học tự nhiên Canada" đã lập ra Giải Michael Smith, thưởng cho các công dân và tổ chức Canada có thành tích trong xúc tiến khoa học.
• Huân chương Canada.
• Năm 2001 Michael Smith Foundation for Health Research được thành lập và đặt theo tên ông.
• Năm 2004 Các phòng thí nghiệm Công nghệ sinh học của Đại học British Columbia được đặt tên lại là Michael Smith Laboratories để vinh danh ông.
• Canada's Michael Smith Genome Sciences Centre được đặt theo tên ông.
• Năm 2004 "Trung tâm nghiên cứu khoa sinh học" mới lập ở Đại học Manchester được đặt tên là Michael Smith Building để vinh danh ông.